У 1777 році Університет перенесли до Бодіна. Словацький уряд 25 березня 1992 року оновив Трнавський Університет і знову відкрив до 1 липня 1992 року. Педагогічний Університет св. Андрія у Ружомберку став частиною ТУ. Трнавський Університет прихильний до принципів Союзу європейських університетів, які мають повну незалежність від політичної та економічної влади, маючи свободу досліджувати та навчати. ТУ дотримується християнських принципів, спрямований на захист моральних та духовних цінностей, співпрацює разом з університетами та науковими установами у Словаччині та за кордоном.