Місія УКМ у Трнаві в дусі християнських та народних ідеалів та відповідно до демократичних принципів навчання висококваліфікованих фахівців, які успішно розвиватимуть словацьку культуру, науку, освіту в контексті європейської та світової культурної спадщини. Університет прагне бути сучасною освітньою установою, яка надає студентам широкі можливості як у філософській та художній сферах, так і в математиці та галузі біотехнології.